朱序出身将门，累迁鹰扬将军、江夏相。
太和元年366年，平定司马勋之乱，因功升任征虏将军，封爵襄平县开国子。
太和四年朱序带兵大败前燕将领傅末波。
宁康二年朱序调任兖州刺史。
当时吴兴郡长城县人钱弘聚众作乱，朝廷人命朱序为中军司马、吴兴太守，前往平定叛乱。
太元二年朱序担任南中郎将、梁州刺史等职，镇守襄阳。
太元三年前秦攻打襄阳，朱序率军固守。
太元四年前秦攻克襄阳，朱序诈降，苻坚以为度支尚书。
太元八年淝水之战中，朱序暗助晋军，大败前秦，投归东晋，历任龙骧将军、琅邪内史、豫州刺史等，屯兵洛阳。
太元十一年，朱序派兵讨伐叛晋的丁零首领翟辽，历任兖青二州刺史、都督司雍梁秦四州军事、雍州刺史等。
太元十五年击败翟辽，大败西燕皇帝慕容永。
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